在種苗生產過程中的工作是水分管理。但是在實際工作過程中卻常常由經驗不多的人來做。在不恰當的時間或者用錯誤的方式澆水，會-影響穴盤苗的生產。
不允許穴盤苗完全干燥；反之，基質中水分過于飽和也不行，會造成根系缺氧0-2%
穴盤苗生產水分管理一般以子葉展開為分界線。
苗盤入床：將已播種的育苗盤鋪放在苗床中，水稻育苗盤，及時用清水將苗盤澆透，澆水時噴灑要輕而勻，防止將孔的基質和種子沖出，然后在苗床上平鋪覆蓋一層地膜，以防止育苗盤內水分散失。也可在基質裝盤后播種前將盤浸放到水槽中，水從穴盤底部慢慢往上滲，吸水較均勻，然后再放入苗床內。
由于統一播種和管理，育苗盤托盤，使小苗生長發育一致，提高種苗品質， 有利于規模化生產。
各穴孔填充程度要均勻一致，否則基較少的穴孔干燥的速度比較快，從而使水分管理不均衡
穴盤育苗的秧苗，其根坨呈上大下小的四棱錐體，故又稱為“塞子苗”，采用穴盤育苗培育的秧苗具有苗齡短、幼苗整齊、健壯、無病蟲害、定植后還苗快等優點。利用穴盤可集中育苗、統一管理，育苗時期不受環境-，既可大批量育苗，又可節省勞力。
桉樹苗育苗使用育苗盤出苗整齊，節省種子，成活率高，移栽方便。
使用穴盤苗的優點:
(1)節省種子用量，降低生產成本。
(2)出苗整齊，保持植物種苗生長的一致性。
(3)能與各種手動及自動播種機配套使用，西瓜育苗盤，便于集中管理，育苗盤，提高工作效率。
(4)移栽時不損傷根系，緩苗迅速，成活率高。
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