先用干凈的毛筆或吹風球除去鏡片表面的灰塵。然后用干凈的絨布從鏡片中心開始向邊緣作螺旋形單向運動。擦完一次把絨布換一個地方再擦，直至擦凈為止。如果鏡片上有油漬、污物或指印等擦不掉時，可用柳枝條裹上脫脂棉，蘸少量酒精混合液擦拭。如果有較重的霉點或霉斑無法除去時，可用棉簽蘸水潤濕后粘上碳酸鈣粉(含量為99%以上)進行擦拭。擦拭后，應將粉末清除干凈。鏡片是否擦凈，可用鏡片上的反射光線進行觀察檢查。要注意的是，擦拭定要將灰塵除凈。否則，回收顯微鏡，灰塵中的砂粒會將鏡面劃起溝紋。不準用毛巾、手帕、衣服等去擦拭鏡片。酒精混合液不可用的太多，以免液體進入鏡片的粘接部使鏡片脫膠。鏡片表面有一層紫藍色的透光膜，不要誤作污物將其擦去。
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1、輕拿取
取用和放置使用時首先從鏡箱中取出生物顯微鏡，必須一手握持鏡臂，回收顯微鏡，一手托住鏡座，保持鏡身直立，切不可用一只手傾斜提攜，防止摔落目鏡。要輕取輕放，放時使鏡臂朝向自己，距桌邊沿5-10厘米處。要求桌子平衡，桌面清潔，避免直射陽光。 2、開光源
開啟光源打開電源開關。
3、放標本
放置玻片標本將待鏡檢的玻片標本放置在載物臺上，使其中材料正對通光孔中央。再用彈簧壓片夾在玻片的兩端，防止玻片標本移動。若為玻片移動器，則將玻片標本卡入玻片移動器，然后調節玻片移動器，將材料移至正對通光孔中央的位置。
4、低倍尋
低倍物鏡觀察用生物顯微鏡觀察標本時，應先用低倍物鏡找到物像。因為低倍物鏡觀察范圍大，較易找到物像，且易能找到需作精細觀察的部位。
其法如下：
a.轉動粗調螺旋，用眼從側面觀望，使鏡筒下降，顯微鏡，直到低倍物鏡距標本0.5厘米左右為度。
b.用左眼從目鏡中觀察，右眼自然睜開，用手慢慢轉動粗調螺旋，使鏡筒漸漸上升，直到視野內的物像清晰為止。此后改用微調螺旋，稍加調節焦距，回收顯微鏡，使物像清晰。
c.用手前后左右輕輕移動玻片或調節玻片移動器，便可找到欲觀察的部分。要注意視野中的物像為倒像，移動玻片時應向相反方向移動。
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